Senjata Anyar kanggo Diagnosis Tuberkulosis lan Deteksi Ketahanan Narkoba: A New Generation Targeted Sequencing (tNGS) Digabungake karo Machine Learning kanggo Diagnosis Hipersensitivitas Tuberkulosis
Laporan literatur: CCa: model diagnostik adhedhasar tNGS lan pembelajaran mesin, sing cocok kanggo wong sing kurang tuberkulosis bakteri lan meningitis tuberkulosis.
Judhul skripsi: Sekuensing generasi sabanjure sing ditargetake tuberkulosis lan pembelajaran mesin: strategi diagnostik ultra-sensitif kanggo tubulus paru-paru paucific lan meningitis tubular.
Periodikal: 《Clinica Chimica Acta》
Yen: 6.5
Tanggal diterbitake: Januari 2024
Gabungan karo Universitas Akademi Ilmu Pengetahuan Cina lan Rumah Sakit Dada Beijing saka Universitas Kedokteran Ibukota, Macro & Micro-Test nggawe model diagnosis tuberkulosis adhedhasar teknologi generasi anyar saka teknologi urutan target (tNGS) lan metode pembelajaran mesin, sing nyedhiyakake ultra-dhuwur. sensitivitas deteksi kanggo tuberkolosis karo sawetara bakteri lan meningitis tuberkulosis, kasedhiya cara diagnosis hipersensitivitas anyar kanggo diagnosa klinis rong jinis tuberkulosis, lan mbantu diagnosa akurat, deteksi resistance tamba lan perawatan saka tuberkulosis.Ing wektu sing padha, ditemokake yen cfDNA plasma pasien bisa digunakake minangka jinis sampel sing cocok kanggo sampling klinis ing diagnosis TBM.
Ing panliten iki, 227 sampel plasma lan sampel cairan serebrospinal digunakake kanggo netepake rong kohort klinis, ing ngendi sampel kohort diagnostik laboratorium digunakake kanggo netepake model pembelajaran mesin diagnosis tuberkulosis, lan sampel kohort diagnostik klinis digunakake kanggo verifikasi sing wis ditemtokake. model diagnostik.Kabeh conto pisanan ditargetake dening kolam probe panangkepan sing dirancang khusus kanggo Mycobacterium tuberculosis.Banjur, adhedhasar data urutan TB-tNGS, model wit keputusan digunakake kanggo nindakake validasi silang 5-lipat ing set latihan lan validasi antrian diagnostik laboratorium, lan ambang diagnostik sampel plasma lan sampel cairan cerebrospinal dijupuk.Ambang sing dipikolehi digawa menyang rong set tes antrian diagnosis klinis kanggo deteksi, lan kinerja diagnostik siswa dievaluasi kanthi kurva ROC.Pungkasan, model diagnosis tuberkulosis dipikolehi.
Gambar 1 diagram skematis rancangan riset
Asil: Miturut ambang spesifik sampel DNA CSF (AUC = 0,974) lan sampel cfDNA plasma (AUC = 0,908) sing ditemtokake ing panliten iki, ing antarane 227 sampel, sensitivitas sampel CSF yaiku 97,01%, spesifisitas 95,65%, lan sensitivitas lan spesifisitas sampel plasma yaiku 82,61% lan 86,36%.Ing analisis saka 44 sampel pasangan cfDNA plasma lan DNA cairan cerebrospinal saka pasien TBM, strategi diagnostik panliten iki nduweni konsistensi dhuwur 90,91% (40/44) ing cfDNA plasma lan DNA cairan cerebrospinal, lan sensitivitas yaiku 95,45% (42/44).Ing bocah-bocah kanthi tuberkulosis paru, strategi diagnostik panliten iki luwih sensitif marang sampel plasma tinimbang asil deteksi Xpert saka sampel jus lambung saka pasien sing padha (28,57% VS 15,38%).
Gambar 2 Analisis kinerja model diagnosis tuberkulosis kanggo sampel populasi
Fig. 3 Asil diagnostik saka sampel dipasangake
Kesimpulan: Metode diagnostik hipersensitif kanggo tuberkulosis ditetepake ing panliten iki, sing bisa nyedhiyakake alat diagnostik kanthi sensitivitas deteksi paling dhuwur kanggo pasien klinis kanthi tuberkulosis oligobacillary (kultur negatif).Deteksi tuberkulosis hipersensitif adhedhasar cfDNA plasma bisa dadi jinis sampel sing cocok kanggo diagnosa tuberkulosis aktif lan meningitis tuberkulosis (sampel plasma luwih gampang dikumpulake tinimbang cairan cerebrospinal kanggo pasien sing dicurigai tuberkulosis otak).
Pranala asli: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990?liwat%3Dihub
Pengenalan singkat produk deteksi seri tuberkulosis Macro & Test Mikro
Amarga kahanan sampel rumit pasien tuberkulosis lan macem-macem kabutuhan, Macro & Micro-Test nyedhiyakake solusi NGS lengkap kanggo ekstraksi liquefaction saka conto sputum, konstruksi lan urutan perpustakaan Qualcomm, lan analisis data.Produk kasebut nyakup diagnosis cepet pasien tuberkulosis, deteksi resistensi obat tuberkulosis, ngetik tuberkulosis mycobacterium lan NTM, diagnosis hipersensitivitas tuberkulosis bakteri-negatif lan wong tuberkulosis, lsp.
Kit deteksi seri kanggo tuberkolosis lan mikobakteri:
| Item No | jeneng produk | konten testing produk | jinis sampel | model ditrapake |
| HWTS-3012 | Sampel release agen | Digunakake ing perawatan liquefaction saka sampel sputum, wis entuk nomer rekaman kelas siji, Sutong Machinery Equipment 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Kit deteksi kuantitas Qualcomm kanggo tuberkulosis hipersensitif (metode panangkapan probe) | Deteksi hipersensitivitas non-invasif (biopsi cair) kanggo tuberkulosis paru bakteri-negatif lan nodul otak;Sampel wong sing dicurigai kena infeksi tuberkulosis utawa mikobakteri non-tuberkulosis dianalisis kanthi metagenomik urutan sing jero, lan informasi deteksi apa mikobakteri tuberkulosis utawa non-tuberkulosis kena infeksi lan informasi resistensi obat lini pertama utama mycobacterium tuberculosis padha diwenehake. | Darah perifer, cairan lavage alveolar, hydrothorax lan ascites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Generasi kapindho |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (multiplex amplification sequencing method) | Tes ngetik Mycobacterium, kalebu MTBC lan 187 NTM；Deteksi resistensi obat Mycobacterium tuberculosis nyakup 13 obat lan 16 situs mutasi inti gen resistensi obat. | Sputum, cairan lavage alveolar, hydrothorax lan asites, sampel tusukan fokus, cairan serebrospinal. | Platform dual generasi kapindho / katelu |
Sorotan: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (multiplex amplification method)
introduksi produk
Produk kasebut adhedhasar obat-obatan lini pertama lan kaloro utama sing diterangake ing pedoman perawatan TB WHO, makrolida lan aminoglikosida sing umum digunakake ing pedoman perawatan NTM, lan situs resistensi obat kalebu kabeh klompok situs sing gegandhengan karo resistensi obat ing Katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis WHO, uga gen resistensi obat lan situs mutasi liyane sing dilaporake miturut investigasi lan statistik literatur kanthi skor dhuwur ing omah lan ing luar negeri.
Identifikasi ngetik adhedhasar galur NTM sing dirangkum ing pedoman NTM sing diterbitake dening Jurnal Tuberkulosis lan Penyakit Pernafasan Cina lan konsensus para ahli.Primer ngetik sing dirancang bisa nggedhekake, ngurutake lan menehi anotasi luwih saka 190 spesies NTM.
Liwat teknologi amplifikasi PCR multipleks sing ditargetake, gen genotip lan gen tahan obat Mycobacterium digedhekake dening PCR multipleks, lan kombinasi amplikon saka gen target sing bakal dideteksi dijupuk.Produk sing digedhekake bisa dibangun dadi perpustakaan urutan tingkat dhuwur generasi kapindho utawa generasi katelu, lan kabeh platform urutan generasi kapindho lan generasi katelu bisa ditindakake kanthi urutan sing jero kanggo entuk informasi urutan gen target.Kanthi mbandhingake karo mutasi sing dikenal sing ana ing basis data referensi sing dibangun (kalebu katalog mutasi kompleks Mycobacterium tuberculosis WHO lan hubungane karo resistensi obat), mutasi sing ana gandhengane karo resistensi obat utawa kerentanan obat anti-tuberkulosis ditemtokake.Digabungake karo solusi perawatan sampel sputum sing mbukak dhewe saka Macro & Micro-Test, masalah efisiensi amplifikasi asam nukleat sing kurang saka sampel sputum klinis (sepuluh kaping luwih dhuwur tinimbang cara tradisional) ditanggulangi, supaya deteksi urutan resistensi obat bisa ditindakake. langsung ditrapake kanggo sampel sputum klinis.
Range deteksi produk
34gen related resistance tamba saka18obat anti tuberkulosis lan6Obat NTM dideteksi, nutupi297situs resistance tamba;Sepuluh jinis Mycobacterium tuberculosis lan luwih saka190jinis NTM dideteksi.
Tabel 1: Informasi 18+6 Obat +190+NTM
kauntungan produk
Kemampuan adaptasi klinis sing kuat: conto sputum bisa langsung dideteksi kanthi agen pencairan mandiri tanpa kultur.
Operasi eksperimen prasaja: babak pisanan operasi amplifikasi prasaja, lan konstruksi perpustakaan rampung ing 3 jam, sing nambah efisiensi kerja.
Ketik lengkap lan resistensi obat: nyakup situs ngetik lan resistensi obat ing MTB lan NTM, sing dadi titik utama perhatian klinis, ngetik akurat lan deteksi resistensi obat, ndhukung piranti lunak analisis independen, lan ngasilake laporan analisis kanthi siji klik.
Kompatibilitas: kompatibilitas produk, adaptasi karo platform ILM lan MGI/ONT mainstream.
Spesifikasi produk
| kode produk | jeneng produk | Platform deteksi | spesifikasi |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium typing and drug resistance detection kit (metode amplifikasi multiplex) | ONT, Illumina, MGI, Salus pro | 16/96rxn |
Wektu kirim: Jan-23-2024